Information

Denovo 2Gb helgenomsekvensering på en liten sequencer

Denovo 2Gb helgenomsekvensering på en liten sequencer


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Vilka är begränsningarna för att använda Illuminas mindre sekvenserare (t.ex. iSeq100, miniSeq) för att göra de novo helgenomsekvensering på en organism med ett större genom (~2Gb)?

Naivt verkar det även om jag bara kan göra sekvensering på 5 Mb per dygn på dessa sekvenserare, efter ungefär två år med att köra saken kontinuerligt borde jag kunna ha tillräckligt med läsningar för att kunna montera en de novo genomsekvens av en större eukaryot (nedströms bioinformatik oro åt sidan). Ändå är det helt klart att sequencers aldrig marknadsförs så här och jag kämpar för att förstå varför.

Jag är intresserad av GWAS på icke-modellerade ryggradsdjur om det spelar någon roll. Den tidsramen verkar inte tokig, eftersom vissa fältexperiment tar flera år innan något är publicerbart.


Ändå marknadsförs sekvenserna aldrig så här och jag kämpar för att förstå varför.

Du förstår inte varför två års instrumentreagenskostnader för ett enda projekt kan anses vara oöverkomligt?


Titta på videon: How to compile SPAdes DeNovo Assembler under Windows 10 (December 2022).